In Bezug auf die einheitliche Bezeichnung hatte ich mir auch schon mal Gedanken gemacht (
https://github.com/makigumo/wadoku-documentation/blob/master/styleguide.adoc). Ergänzungen usw. sind willkommen.
杉並区 sollte ein Untereintrag von 杉並 sein und bedarf dann mMn keines weiteren Verweises.
Die Unterscheidung Ortsname/Gebietsname wird wohl in einigen Fällen immer unscharf sein, sodass die Wahl hier dann eher arbiträr erfolgt.
Ansonsten sollten Ortsnamen eher für klar umrissene und lokalisierbare Plätze, Bauwerke usw. oder auch Verwaltungseinheiten (< Stadt) genutzt werden, Gebietsnamen für eher unscharf umrissene und weitflächigere Bereiche. Bestimmte Fälle kann man sicher noch genauer festlegen.
Eigennamen insbes. geographische folgen dem Schema:
$POS$ $Domäne$ $Name$ ($Definition$; $Weiteres$).
$POS$ = Wortart "Nomen"
$Domäne$ = "Ortsn.", "Gebietsn.", "Stadtn.", …
$Name$ = Name (für Verwaltungseinheiten/Ortschaften ohne qualifizierende Endung, Bergen/Seen usw. je nach Bedarf).
$Definition$ = Was und Wo (in <Def.: >)
$Weiteres$ = (optional) weitere Infos (in <Expl.: >)