Unter linux gibt es noch GoldenDict sobalt man wadoku für Stardict installiert hat ist es auch in GoldenDict verfügbar.

Hier findet man Download und die Anleitung zum installieren von wadoku für Stardict und somit auch GoldenDict:
http://wadoku.de/forum/posts/list/1116.page

man kann dann serh einfach eine Gruppe für seine japanischen wörterbücher machen und sogar für diese automatische hepburn umwandlung für romanji suchen in hiragana und katakana in den settings aktivieren und dann zur gruppe hinzugügen.
Hier ein kleiner screenshot wie das dann aussehen kann

website von goldendict: http://goldendict.berlios.de/

PS: falls irgendjemand weitere wörterbuch software kennt immer her damit (auch für windows oder tragbare devices), ich bin momentan auf der suche
nach den besten und auch gern bereit soweit möglich eine wadoku version dafür zu convertieren (hängt stark von der offenheit des verwendeten formats ab, leider noch kein glück gehabt mit meinem Casio 電気辞書