Ich bin mir nicht ganz sicher, worauf du hinauswillst.
Dass Hebonshiki und Kunreishiki unzureichend sind?
Das kann man wohl bejahen. Auch für andere Systeme.
Dass eine Mischung beider Transkriptionssystem besser für deutsche Verhältnisse wäre?
Nunja, da kann man sich streiten. Aber ein deutsches Transkriptionssystem würde dann eher Dinge wie
Fudschijama produzieren, da Hebonshiki und Kunreishiki eher einen englischen Hintergrund haben.
づ -> du
Das ist wenig intuitiv, deswegen wird wohl auch in der westlichen Literatur das Hebonshiki verwendet, welches sich näher an der eigentlichen Aussprache orientiert als das Kunreishiki, das knallhart und konsequent die Konsonantenreihen (da, di, du, de, do) durchzieht.
Um die Lesung darzustellen ist "zu" vollkommen in Ordnung. Wenn du unterschiedliche Kananutzungen darstellen möchtest, ist eine Unterscheidung zwischen ず und づ notwendig. Die Aussprache ist ja gleich, da reicht zur Darstellung das "zu".
Also letztendlich ist es eine Frage der Prioritäten, wie du transkribieren möchtest. Reicht dir eine einfache Anzeige der ungefähren Aussprache oder möchtest du eine 1:1-Abbildung zwischen den Kana und ihrer alphabetischen Darstellung.
Praktischerweise wird deshalb wie beim Wadoku oftmals ein modifiziertes Hepburn-System als eine Art Kompromiss verwendet, zumindest im Westen.
Die Transkription ist ja eigentlich auch nicht entscheidend, es ist immer ein Vorwissen um die spezifische Aussprache nötig. Niemand kann englische oder in romanischen Sprachen verfasste Texte ohne gewisse Vorkenntnisse korrekt aussprechen.
Also wenn man weiter überlegt, kommt man doch zu dem Schluss, dass weder die lateinischen Buchstaben noch die japanischen Kana in der Lage sind, die 100% korrekte Aussprache/Lesung in der
eigenen Sprache darzustellen.
Was für mich die ganze Diskussion müssig erscheinen lässt. Man muss überall die Eigenheiten einer Sprache lernen, egal ob und welches Transkriptionssystem man verwendet. Sonst könnte man auch gleich hingehen und den Japanern sage, dass ihre Kana nur unzureichend ihre Sprache darstellen, da die Aussprache nicht immer klar ist, und sie sich gefälligst was eindeutiges suchen möchten, wo natürlich nicht die Akzentwechsel, Devokalisierungen usw. fehlen dürfen....
Naja, ist ein langer Text geworden, aber vielleicht kannst du was damit anfangen.