つ kann sowohl mit "tsu" als auch "tu" wiedergegeben werden. Ersteres entspricht dem Hepburn-System, letzteres dem Kunrei-System.
Siehe hier:
http://de.wikipedia.org/wiki/Hepburn-System
und hier:
http://de.wikipedia.org/wiki/Kunrei-System
Nach dem Kunrei-System wird ち ti un し si gechrieben. Es richtet sich nach der Konsonantenreihe und nicht nach der tatsächlichen Aussprache.
し als "schi" wiederzugeben ist ziemlich unüblich. Wird eigentlich höchstens in Reiseführern oder so verwendet wenn die Autoren sicher gehen wollen, dass die Deutschen wissen, wie sie's aussprechen sollen...
Aber, was meinst du denn mit "wakatsushi"? Sollte das vielleicht "watakushi" sein?